Samostalni odjel za unutarnju reviziju zasebna je ustrojstvena jedinica Ministarstva, koja za svoj rad izravno odgovorna ministru.
Odjel ima procjeniteljsku, savjetodavnu i participativnu ulogu u razvoju i provedbi sustava, procesa i procedura, upozorava na uočene nepravilnosti i neusklađenosti sa zakonskim i drugim propisima, predlaže mjere za njihovo otklanjanje te prati provedbu preporuka navedenih u izvješćima o obavljanim revizijama, o čemu izvještava ministra.
Temeljna zadaće Odjela je na osnovi neovisne procjene rizika obavljati pojedinačne revizije poslovnih procesa financiranih iz sredstava Državnog proračuna i sredstava EU, te danim preporukama doprinijeti uspješnijem ostvarivanju poslovnih ciljeva i na taj način unaprijediti i poboljšati poslovanje Ministarstva u cjelini.
Prava i obaveze unutarnje revizije, osim zakonskim propisima, definirana su i Poveljom unutarnjih revizora, koju su potpisali ministar i načelnik Odjela.
U svom radu Odjel usko surađuje s Upravom za harmonizaciju unutarnje revizije i financijske kontrole Ministarstva financija, s kojom razvija i stručno jača profesiju unutarnje revizije temeljenu na vlastitom iskustvu i međunarodnim standardima.
Najvažniji propisi koji uređuju poslove i rad unutarnje revizije u javnom sektoru RH su:
Radom Samostalnog odjela upravlja načelnik.